Havuz dibinin temizliği her gün, duvarlarının temizliği ise haftalık olarak yapılmalıdır. (Havuz işletmeye kapatıldığı zaman) senede en az bir kez havuz suyu tamamen boşaltılarak dezenfeksiyonlu su ile genel bir temizlik yapılmalıdır. Havuz dip temizliğinden (süpürme) sonra kurallara uygun bir şekilde ters yıkama yapılır. Ters yıkama işleminden sonra sistem çalışmaya devam ederken, sırayla pompalar durdurularak pompa ön filtreleri temizlenir.